Yin-yang-oppi on Yijingin perustavin ja tärkein filosofinen käsite, joka kulkee läpi koko klassikon. Se ei ole ainoastaan luonnonilmiöiden havainnollinen yleistäminen, vaan myös dialektinen ajattelutapa, joka on vaikuttanut syvästi kiinalaisen perinteisen kulttuurin kaikkiin osa-alueisiin.

Yin-yangin alkuperäinen merkitys on hyvin yksinkertainen: aurinkoinen puoli on yang, varjoisa puoli on yin. Pitkän kehityksen kautta yin-yangille on annettu rikkaampi filosofinen sisältö. Yang edustaa positiivisia, aktiivisia, lujia, valoisia ja lämpimiä ominaisuuksia; yin edustaa negatiivisia, passiivisia, pehmeitä, pimeitä ja kylmiä ominaisuuksia.

Yijingin mukaan kaikessa maailmankaikkeudessa olevassa sisältyy kaksi puolta, yin ja yang. Nämä kaksi ovat sekä vastakkaisia että yhtenäisiä, sekä keskenään rajoittavia että toisistaan riippuvaisia. Ilman yiniä ei olisi yangia, ilman yangia ei olisi yiniä. Aivan kuten ilman pimeyttä ei olisi valoa, ilman kylmyyttä ei olisi lämpöä, yin ja yang ovat suhteellisia käsitteitä.

Vielä tärkeämpää on, että yin ja yang voivat tietyissä olosuhteissa muuttua toisikseen. "Yang saavuttaessaan ääripisteensä synnyttää yinin, yin saavuttaessaan ääripisteensä synnyttää yangin." Kun asiat kehittyvät äärimmilleen, ne muuttuvat vastakohdikseen. Tämä ajatus heijastaa Yijingin syvällistä dialektista viisautta, opettaen meitä näkemään asioiden kaksinaisuuden ja ymmärtämään periaatteen "äärimmilleen viety asia kääntyy päinvastaiseksi".

64 heksagrammissa yin-yangin kasvua ja vähenemistä ilmaistaan yaojen (viivojen) muutoksien kautta. Heksagrammin muutosprosessi ala-yaosta ylä-yaoon on prosessi, jossa yin ja yang vuorottelevat. Qian-guassa on puhdas yang, mutta yläyhdeksännessä yaossa "ylpeällä lohikäärmeellä on katumusta"; Kun-guassa on puhdas yin, mutta yläkuudennessa yaossa "lohikäärme taistelee kedolla". Jopa puhdas yang tai yin, äärimmilleen kehittyessään, kääntyy vastakkaiseksi.

Yin-yang-dialektisella ajattelulla on laaja sovellus kiinalaisessa perinteisessä kulttuurissa. Perinteisen kiinalaisen lääketieteen yin-yang-tasapainoteoria, taistelulajien lujuuden ja pehmeyden yhdistämisen periaate sekä johdon jännityksen ja rentoutumisen tasapaino voidaan kaikki jäljittää Yijingin yin-yang-filosofiaan. Yin-yang-dialektisen ajattelutavan hallitsemisella on tärkeä ohjaava merkitys monimutkaisten ongelmien käsittelyssä ja asioiden lakien ymmärtämisessä.